做过小分子代谢组学或非目的分析的人大概都有一种体会，那就是数据处理软件不同，得到的结果往往也不同。究其原因，非目的分析这个名词就预设了分析方法是没有预设要检测到化合物的，因此基本是软件检测出什么就报什么。而不同的软件对于原始数据的处理方法并不一致，因此就会出现同一份数据但得到不同处理结果的情况。
如果倒退十年，市面上常见的一级质谱峰提取软件除了仪器厂商自己开发的，基本就是xcms跟MZmine两家，后来OpenMS填补了一部分python用户的需求。然后深度学习的风终究还是吹到了质谱数据分析这边，最近几年的峰提取软件很多都是直接套了一个CNN或transformer的内核来进行识别。这类文章很自然就是要验证自己的效果，然后又是因为非目的分析拧 …