在高分辨质谱分析领域，偏生物样本的代谢组学与偏环境样本的非目的分析都是近期比较火的研究方向。这里关注的待测物一般是分子量1500Da或2000Da以下的小分子，相比蛋白质组学而言看起来是简单了但其实分析逻辑复杂度更高。从定性角度来说，基于质谱的定性要依赖精确质量数与其分子碎片的特异性，蛋白质组学的麻烦在于分子量大了以后精确质量数测定受同位素与多电荷影响谱图解析会有困难，实践里都是打碎了测肽段，然后利用算法重新拼出蛋白质序列，当然自上而下的测序现在也有些新思路，更多依赖仪器进步。到了小分子部分，蛋白质组学里存在的同位素与多电荷问题相对少一点，但这里就不存在肽段的概念了，也就是小分子测定里没有类似碱基或氨基酸的结构单元，此时单纯依赖高分辨质谱只能得到分子式 …