这个问题反复掉坑，在这总结下，省的记吃不记打。
所谓网络可视化，一定是有节点与节点间连线组成，节点一般指代一个样品或特性，连线则代表了样品间或特性间的关系。也就是说，网络的最小单元就是一个两点连线，也就是起点与终点，虽然描述一个网络很直观，但具体到数据结构上就存在一些问题。常规样本数据一般是每一行代表一个样品，每一列代表一个描述样品的维度，样品或维度间的关系并不能展示在原始数据结构里，所以我们需要将样品-维度的数据框转成描述网络的起点-终点数据结构才好可视化。但事实上，你更应该需要一种描述网络的数据类型，然后根据类型定义可视化方法，也就是将原始数据转为网络数据类型，这种类型定义也方便了除可视化外其他针对网络的分析方法开发与使用。
在 R 中，有两个包提供了描述网络的基础类型定义，一个是 network包，另一个是igraph包。这两个包允许用户 …