最近设计了一组代谢组学实验，因为用到动物所以需要学校动物保护委员会的许可，完成了一系列理论学习与实验室参观后，主管人员要求提供预实验结果与功效分析来确定动物数量。这个要求就诡异了，组学实验同时测上千个指标，这功效分析根本无从谈起。但因为是必填项，硬着头皮去查了下资料，如果是代谢组学数据，确实基本没人提功效分析，有也是针对特定测量值。然而，蛋白质组学跟基因组学都曾经讨论过这个问题，这里我大体总结下。
功效分析
常规功效分析至少需要显著性水平、组内标准差、组间差异、功效及检验方式来确定样本数。其实说白了就是知道想看到一个显著差异所需要的最小样本数，如果不能达到这个数，那么你这个实验基本可以当成白干了。功效分析跟显著性分析关注点并不一样，前者关心看到的差异真不真，后者关心这个差异存不存在。一般而言，控制实验都能看到差异，所以关心这个差异靠不靠谱其实对实验设计很重要，而具体表现就是样本数。样本越大越容易看出细微差异，如果样本数固定，那么可以通过功效分析测定哪些差异靠谱。从上面我们 …